בחירה בתוכנת CRM כחידוש בניהול של הארגון או החלפה של תוכנת CRM בארגון שבו כבר קיימת מערכת אחרת; כך או כך מדובר בהחלטה שיש לה עלות. לפני שעושים את הצעד הזה יש להכיר את העלויות השונות שלו ולהחליט אם התועלת שווה את העלות או שמא ההשקעה גדולה מהרווח שהיא עשויה להניב.
עלות כספית
המחיר הראשון שיש לשלם כדי לייסד מערכת CRM נמדד כמובן בכסף. העלות הכספית הינה תוצאה של הצואות שונות שיש לארגון. במידה ובוחרים לרכוש מערכת ממוחשבת של CRM הרי שיש להשקיע בכך כסף. כמו כן יש לחשוב על ההכשרה של כוח האדם של הארגון כדי שהוא יוכל להפעיל את המערכת ולפעול איתה ובתוכה בצורה הנכונה. יתכן ויש גם צורך להגדיל את מצבת כוח האדם בארגון או להחליף את כוח האדם הקיים שאיננו מתאים למערכת הזו והעלות עשויה להיות משמעותית. לעיתים מערכת CRM מתבססת על או פועלת בשיתוף עם מתן בונוסים שונים ללקוחות הנאמנים כך שכאן מצטרפת עלות נוספת. כפי שנראה להלן, ייתכנו גם שינויים ארגוניים; הדבר עלול להביא להאטת הפעילות בשלב הראשון עד שהארגון על חלקיו השונים יתרגל לשיטה החדשה וכך תתכן פגיעה ברווחים של הארגון לטווח הקצר.
עלות ארגונית
המעבר לשימוש במערכת CRM מחייב עובדים שונים בארגון לאמץ גישה חדשה. כמו כן הארגון בכללותו צריך לאמץ שיטת פעולה שעשויה להיות מאוד שונה ממה שהוא היה מורגל אליו עד עתה. שינויים אינם עניין פשוט ומובן מאליו שארגון שמחליט על מעבר אל שימוש במערכת CRM וכל מה שקשור בכך חייב להיות מודדע לכך שלא מדובר במהלך של מה בכך. המאמץ שיושקע בהטמעה של מתודולוגיות ומערכות טכנולוגיות חדשות דורש מהארגון בכלל ומכוח האדם בפרט לערוך שינויים והדבר עלול להוביל לקשיים גם לניהול הארגון בכללותו וגם ליחסי העבודה בתוכו. אנשים לא אוהבים שינויים, בדרך כלל, ויש להתכונן לאפשרות של התנגדות למהלך מצד כוח האדם שצריך להתאים את עצמו לצורת עבודה שונה ממה שהוא הורגל לה. ייתכן ותידרש השקעה נוספת כדי להרגיע את המערכת ולהחזיר אותה לתפקוד תקין.
עלות ניהולית
חשוב לזכור שהמעבר אל אסטרטגיה ופרקטיקה של CRM הינו מהלך בעל השפעות לטווח ארוך. כאשר הלקוחות מתרגלים לכך שהארגון שעימו הם עובדים עובד איתם בשיטת CRM הם מצפים שהשיטה תימשך לטווח ארוך. הניהול של מערכת היחסים עם הלקוחות מושפע מאוד מהאסטרטגיה ומהפרקטיקה הזו וחשוב לזכור שאין מדובר בצעד שאפשר להתחרט עליו ולוותר עליו בקלות. הלקוחות שנהנו מהיתרונות הגלומים מעבדה עם ארגון שעובד עם מערכת CRM מתקדמת לא יקבלו בקלות את העובדה שהאגרון יחליט לפתע לבחור בשיטת ניהול אחרת. לכן לפני שעושים את הצעד המשמעותי חשוב להבין שזהו צעד שקשה מאוד לחזור ממנו ושהוא ישפיע על ההתנהלות של הארגון למשך תקופה ארוכה.
עלות מיידית ועלות מתמשכת
לסיום חשוב לציין שהעלויות של מעבר אל CRM מתחלקות לשניים: עלות מיידית דהיינו כלל התוצאות הנדרשות מהארגון כדי לשנות ולהתאים את עצמו לשיטה; עלות מתמשכת דהיינו כלל הוצאות שיידרשו מהארגון כדי לתפעל את עצמו בשגרה כתוצאה מהבחירה באסטרטגיה ובפרקטיקה של CRM.